La principale menace qui pèse sur le milan royal en Europe et qui est responsable de son déclin dans de nombreuses régions est l'utilisation massive et généralisée de rodenticides pour exterminer les campagnols, notamment en Espagne et en France. Ces produits, répandus par la tonne dans les champs, provoquent un empoisonnement secondaire des milans royaux, qui se nourrissent des petits rongeurs morts ou mourants.
L'empoisonnement direct, causé par l'ingestion d'appâts empoisonnés répandus illégalement pour tuer les prédateurs du bétail ou des espèces chassables, est également une cause fréquente de décès en Europe.
À ces menaces s'ajoutent les modifications de l'habitat et notamment le remplacement des pâturages et des prairies par des cultures intensives (par exemple le maïs), la persécution directe, l'électrocution, le choc contre les éoliennes et la déforestation. Un autre facteur important qui affecte négativement les espèces, en particulier les populations espagnoles et françaises, est la fermeture de nombreuses décharges.